重点实验室以生态文明建设和生态环境保护的新理念、新思想、新战略为引领，开展创新型研究，解决海洋生态环境保护中的重大科技问题，促进研究成果的推广应用，为国家海洋生态环境保护和管理决策提供科学理论依据和技术支撑。重点实验室主要研究方向如下：

一、海洋生态环境污染防治基础研究与应用技术

1.战略新兴海洋环境问题研究。新兴海洋环境问题（海洋缺氧、酸化和微塑料）研究；研发海洋环境中新兴污染物分析方法，建立相应的标准化体系；研究海洋环境中典型新兴污染物的环境赋存、迁移和多介质分布机制；研发海洋污染事故（溢油、危险化学品和放射性核素）应急监测和评估技术。

2.海洋生态环境动力过程监测评价与预测预警技术。海洋动力环境连续监测与动态评价技术研究；海洋突发事件和环境灾害监测预警技术研发；海水水质演变过程趋势预测模型研发；海洋生态系统动力学模型研发与应用；基于海水水质和生态系统动力学模型的环境评价方法研发；重点海域水交换能力及环境容量评估技术研究；研发流域海域污染物的溯源解析技术；我国冰区生态环境监管与应急保障研究。

3.海洋生态环境遥感探测与监管技术。近岸海域水质遥感监测技术研究与应用；海面溢油遥感探测技术研究；赤潮、绿潮遥感快速识别技术研发；自然岸线生态空间格局变化遥感监测技术研究；海岸带生态环境质量遥感监测与评价技术研究；海洋生态环境无人机遥感技术研究与应用；海洋大气遥感监测技术研究。

4.海洋生态环境质量基准和风险评估技术。流域/海域环境质量演变规律和分区理论研究；海洋生态环境质量基准理论与方法研究；海洋生态环境与健康风险评估新理论与新技术研究；海洋生态环境质量监测与评价方法学研究；海洋环境质量基准/标准研究；研制海洋环境标准物质。

二、海洋生态安全保障研究

1.海洋生态过程和生态健康监测评估。海洋生态系统物质循环、能量流动与生态系统服务功能研究；海洋生态环境演变的过程和机制研究；海洋生态质量监测评价与生态系统管理研究；海洋生态健康、生态风险和生态安全评估新理论与新技术研究；全球变化对海洋生物多样性和海洋生态系统的影响研究；海洋生态资源恢复理论、技术、管理研究。

2.海洋生态灾害监测预测和应急处置。研究海洋生态灾害（赤潮、绿潮、水母、病原微生物、外来生物等）发生机理和演变规律；研发海洋生态灾害监测、预测预警和灾害风险评估技术、方法与产品；研发核电取水区等重要水域有害生物的预警、防控和应急处置技术与装备；海洋生态系统演变特征与驱动机制研究。

3.渤海生态安全屏障建设关键技术研究。渤海生态环境保护管理制度及政策研究；渤海海洋生态环境监管技术研究；渤海典型海洋生态系统保护关键技术研究；渤海海洋生态环境综合治理技术研究；渤海海洋生态环境风险防控技术研究。

三、海洋生态环境管理政策与规划研究

1.陆海统筹的海洋生态环境保护管理与规划研究。近岸海域生态环境问题识别与压力分析；入海污染源排污状况及对海洋生态环境影响研究；海洋生态环境质量综合评估、预警与考核方法研究；区域海洋生态环境综合治理目标效益评估；海洋生态功能分区研究；海洋生态环境保护与管理规划研究；海洋生态文明建设理论与方法学研究。

2.海洋生态环境监督与管理研究。海洋生态保护红线监管技术研究；滨海湿地保护、修复、生态补偿、信息管理与服务等技术研究；海洋自然保护地建设和管理技术研究；人类活动与全球气候变化对滨海湿地影响研究。

3.涉海工程环境监督管理技术研究。海洋倾倒、围填海及海洋油气开发等涉海工程监管制度与技术研究；涉海工程及海洋生态修复/恢复活动对海洋生态环境影响及监管技术研究；疏浚物生态化利用配套政策和技术研究；国际履约政策和技术研究。